一、对于支付机构的影响
目前第三方支付机构的客户备付金是存管在商业银行专户的，这是央行的要求。很多第三方支付机构的备付金账户沉淀了巨额资金（比如支付宝、财付通），这对于银行是一笔巨额存款，这笔钱是以第三方支付机构的名义存的，银行为了争取存款，会向支付机构付一定的利息。
对于很多支付机构来说，备付金利息收入占净利润的利润的比例很大，尤其是支付宝、财付通这样的支付巨头。一旦央行撤销客户备付金账户，相当于备付金利息收入就没了，支付机构的盈亏状况将受到一定的影响。
二、对于消费者的影响
央行取消客户备付金，可以解决支付机构挪用客户备付金的风险。比如，很多支付机构推出各种预付卡，消费者存钱进去，基本就是被它们挪用，最后吃亏的是消费者。如果支付机构挪用备付金，消费者的预付卡不仅用不了，最后可能还退不回钱，损失巨大。