首先，对比发现，两者不同点在于投资标的股票与额度限制。

　　相较沪港通，沪港通下的港股通增加了：市值50亿港币以上的恒生综合小型股指数成份股。

　　最大的区别在于深市有中小板和创业板，深市的成长股是沪港通和港股市场的补充。与沪港通类比，沪港通的标的不局限于A/H股同时上市，而将包含深市成分股;由于深市成分股与沪市有很大区别，这将丰富香港投资者的投资范围。

　　另外，沪港通没有总额限制，而沪港通有总额限制：港股通2500亿元、沪股通3000亿元。

　　其次，因上海、深证交易所上市公司股票在风格上存在天然的差异，沪港通和沪港通在影响及作用机理上会有些不一样。

　　(1)深圳交易所股票数量占据了全部A股上市公司的60%，包括深圳主板、中小板以及创业板，与上证股票相比，深交所股票平均市值更小，交易及活跃度水平更高;

　　(2)从两市公司市盈率和市净率的走势能够看出，自09年之后深证股票估值水平大幅超越上证，当前深证股票平均市盈率大概是上证的两倍;再者，15年以来上证380的换手率普遍低于深证成指和中小创新指数，特别是中小创新指数在活跃度上要明显领先;

　　(3)通过对比沪股通和深股通标的股票的差异，显然看到深股通标的中小盘股比例显著提升，以沪港通方案获批当天收盘价格计算，满足深股通北向标的股中一半以上的股票市值都集中在60-200亿。