虽然跨市套利是一种较稳健的保值和投资方式，但依旧存在一定的风险因素。
1)、比价稳定性。比价关系只在一定时间和空间内具备相对的稳定性，这种稳定性是建立在一定的现实条件下的。一旦这种条件被打破，比如税率、汇率、贸易配额、远洋运输费用、生产工艺水平等外部因素的变化，将有可能导致比价偏离均值后缺乏“回归性”。
2)、市场风险。市场风险主要是指在特定的市场环境下或时间范围内，套利合约价格的异常波动，处在这种市场情形之下的套利交易者如果不能及时采取相对措施，在交易所落实化解市场风险的措施过程中，可能会有获利头寸被强行平仓，留下亏损的单向头寸，从而导致整个套利失败。
3、信用风险。由于国内禁止未经允许的境外期货交易，大多数企业只能采取各种变通方式通过注册地在香港或新加坡的小型规模代理机构进行外盘操作，这种途径存在一定的信用风险。
4)、时间敞口风险。由于内外盘交易时间存在一定差异，因此很难实现同时下单操作，不可避免地存在时间敞口问题，加大了跨市套利的操作风险。
5)、政策性风险。政策性风险或称为系统性风险，指国家对有关商品进出口政策的调整、关税及其他税收政策的大幅变动等，这些都可能导致跨市套利的条件发生重大改变，进而影响套利的最终效果。