市盈率指标用来衡量股市平均价格是否合理具有一些内在的不足：
（1）计算方法本身的缺陷。成份股指数样本股的选择具有随意性。各国各市场计算的平均市盈率与其选取的样本股有关，样本调整一下，平均市盈率也跟着变动。即使是综合指数，也存在亏损股与微利股对市盈率的影响不连续的问题。
举个例子，2001年12月31日上证A股的市盈率是37.59倍，如果中石化2000年度不是盈利161.54亿元，而是0.01元，上证A股的市盈率将升为48.53倍。更有讽刺意味的是，如果中石化亏损，它将在计算市盈率时被剔除出去，上证A股的市盈率反而降为43.31倍，真所谓“越是亏损市盈率越低”。
（2）市盈率指标很不稳定。随着经济的周期性波动，上市公司每股收益会大起大落，这样算出的平均市盈率也大起大落，以此来调控股市，必然会带来股市的动荡。1932年美国股市最低迷的时候，市盈率却高达100多倍，如果据此来挤股市泡沫，那是非常荒唐和危险的，事实上当年是美国历史上百年难遇的最佳入市时机。