正如任何新生事物总不能够完美无缺一样，创业板市场也必然要经历一个不断发育、不断完善的过程。在这个过程中，各种问题和风险的出现是必然的，有关方面必须认真关注这些风险并加以应对。归纳起来，创业板市场启动后，可能出现以下十个方面的风险：
(1)新技术、新行业判断的风险。创业板市场将涌现很多新行业、新技术企业。首先，一般的民众，甚至市场专业分析人士都无法真正了解和把握某些行业和技术的未来；其次，有些新行业并不因为新，就已经到了盈利和成长期；再次，高科技并不总是带来丰厚的经济回报。所以就存在着对新行业和有关企业判断正确与否的风险。
(2)预期的风险。投资人投的是企业未来，而一个企业的未来是受经济景气的大环境，受各种政策的变化，受国际格局的演变，受相近行业发展的互动，受企业竞争对手的发展等诸多因素的影响，其预期本质上是不确定的，是隐藏着风险的。(3)创业板市场的企业很难用净资产或市盈率等常规尺度衡量。创业板上市企业大都有无形资产，由于知识产权和商誉等无形资产本身定价的弹性及难以捉摸的性质，使得净资产很难确切地判定。价值判定的多标准、多尺度、高弹性本身就蕴涵着风险。它们又给炒作提供了更大的空间，因而派生出更大的风险。