国债逆回购可能会亏钱，主要有以下几个原因：

国债逆回购需要支付佣金，不同期限的逆回购收取的佣金不同。如果在逆回购时成交价格过低，一旦收入低于佣金，就会导致亏本。比如1天期国债逆回购手续费是成交金额的0.001%，若成交金额较小且利率极低，利息收入可能还不够支付手续费。

市场利率波动：市场利率突然大幅下降，可能使原本预期的高收益无法实现，甚至低于交易成本。比如投资者在资金市场较紧张时进行国债逆回购交易，预期利率上升，但实际资金市场逐渐宽松，利率下降，交易收益就可能低于预期甚至亏损。

交易系统故障

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国债逆回购通过股票账户卖出，若系统遭遇故障，可能出现预期收益显示异常、数据异常等情况，需等系统维护正常后才能确定交易是否亏损，不过这种情况发生概率极低。

虽然国债逆回购交易费用相对较低，但如果交易规模较小，费用占比就会较高，从而影响最终收益。比如买入1000元1天期逆回购，假设收益率为2%，一天利息为0.055元，而手续费为0.01元，若有1元起点收费标准，这次交易就是亏损的。

在进行国债逆回购操作时，需输入价格、购买金额等信息，若投资者误输入较低价格，就可能产生亏损。