（1）发行主体不同。期权没有发行人，每一位市场参与人在有足够保证金的前提下都可以是期权的卖方。期权交易是不同投资者之间的交易。当投资者买入某公司的认购期权时，卖出期权的是普通投资者。而权证通常是由标的证券上市公司、投资银行（证券公司）或大股东等第三方发行的。交易双方为股票权证的发行人与持有人。当投资者买入A公司的权证时，卖出权证的是A公司自己或者它所委托的证券公司。如果卖出的机构是A公司自己，则称为股本权证；卖出的机构是证券公司，则称为备兑权证。
（2）交易方式不同，期权交易比权证更灵活。投资者可以买入或卖出认购期权，也可以买入或者卖出认沽期权。但对于权证，普通投资者只能买入权证，只有发行人才可以卖出权证收取权利金。当然投资者也可以在二级市场交易手中已有的权证。
（3）合约特点不同，期权合约是标准化合约而权证不是。期权合约中的行权价格、标的物和到期时间等都是由市场统一规定好的，而权证合约中的行权价格、标的物、到期时间等都是由发行者决定的。
（4）合约供给量不同。期权在理论上供给无限，不断交易就不断产生。而权证的供给有限，由发行人确定，受发行人的意愿、资金能力以及市场上流通的标的证券数量等因素限制。
（5）履约担保不同。期权的开仓一方因承担义务需要缴纳保证金，其随标的证券市值变动而变动。而权证的发行人以其资产或信用担保履行。
（6）行权后效果不同。认购期权或认沽期权的行权，仅是标的证券在不同投资者之间的相互转移，不影响上市公司的实际流通总股本数；对于上市公司发行的股本权证，当投资者对持有的认购权证行权时，发行人必须按照约定的股份数增发新的股票，从而导致公司的实际流通总股本数增加。