两类基金都是主要投资于股票的基金，主要区别在于，一般的股票型基金都是主动型基金，简单来说是按基金经理的投资理念所选择出来的股票构成的，其实际选股逻辑只能从基金的公告里了解，但没法预知基金经理的选择；而指数基金都是被动型基金，是专门追踪某一个已有的股票指数，基本根据指数的成分股和配比来构建组合，相对来说基金的规模也更大，选股逻辑详细清晰，可以预测成分股，获得的是市场的平均收益。所以如果认同基金经理的投资逻辑，可以一次性大额买入；如果不相信基金经理，则指数基金是不错的选择，适合定投。
另外还有指数增强型的基金，如沪深300增强型基金，中证500增强型基金，这些也是基本按照指数的成分股构建，但根据基金经理的投资概念，有所替代成分股，或者调整成分股的配比。
由于A股是发展中的资本市场，相比成熟的股市，会因为一些信息的不对称，较好的主观投资相对指数容易有超额收益，但随着股市的逐渐完善，这种超额收益会越来越难得到。