货币基金投资存在一定的风险，但是相对于其他投资方式而言，风险还是比较小的。货币市场基金的风险来自其投资的短期债券与市场利率变化。当市场利率突然发生变化而短期债券的利息随之发生变化时基金没有做出及时的调整以致其整体收益下跌。还有一种风险来自其自身行业的竞争，其每天的七日年化收益率的计算是以当天的收益曲线中最有利于基金公司的价格计算出来。造成报价收益与实际收益的差异。
一般来讲，在同时满足下列两个条件时，货币市场基金可能会发生本金亏损：一是短期内市场收益率大幅上升，导致券种价格大幅下跌；二是货币基金同时发生大额赎回，不能将价格下跌的券种持有到期，抛售券种后造成了实际亏损。据有关测算表明，单日货币市场基金发生本金亏损的可能性很小（0.06117%），如持有一周或者一月，则本金损失的概率接近于0。随着持有期的延长，由于市场风险所导致的亏损概率会降到非常低。而国内货币基金按规定不得投资股票、可转换债券、AAA级以下的企业债等品种，因此发生信用风险的概率更低。