1、股权价值波动下的市场风险
股权设质如同股权转让，质权人接受股权设质就意味着从出质人手里接过了股权的市场风险。而股权价格波动的频率和幅度都远远大于传统用于担保的实物资产。无论是股权被质押企业的经营风险，还是其他的外部因素，其最终结果都转嫁在股权的价格上。当企业面临经营困难出现资不抵债时，股权价格下跌，转让股权所得价款极有可能不足以清偿债务。虽然法律规定质物变价后的价款不足以清偿债务的，不足部分仍由债务人继续清偿。但是，由于中小企业的现实状况，贷款人继续追讨的成本和收益往往不成正比。
2、出质人信用缺失下的道德风险
所谓股权质押的道德风险，是指股权质押可能导致公司股东“二次圈钱”，甚至出现掏空公司的现象。由于股权的价值依赖于公司的价值，股权价值的保值需要质权人对公司进行持续评估，而未上市公司治理机制相对不完善，信息披露不透明，同时作为第三方股权公司不是合同主体，质权人难以对其生产经营、资产处置和财务状况进行持续跟踪了解和控制，容易导致企业通过关联交易，掏空股权公司资产，悬空银行债权。
3、法律制度不完善导致的法律风险
现行的股权质押制度因存在诸多缺陷而给质权人带来如下风险:一是优先受偿权的特殊性隐含的风险。股权质押制度规定的优先受偿权与一般担保物权的优先受偿权不同，具有特殊性。当出质公司破产时，股权质权人对出质股权不享有对担保物的别除权，因为公司破产时其股权的价值接近于零，股权中所包含的利润分配请求权和公司事务的参与权已无价值，实现质权几无可能。二是涉外股权瑕疵设质的风险。我国《外商投资企业法》规定，允许外商投资企业的投资者在企业成立后按照合同约定或法律规定或核准的期限缴付出资，实行的是注册资本授权制，即股权的取得并不是以已经实际缴付的出资为前提，外商投资企业的股东可能以其未缴付出资部分的股权设定质权，给质权人带来风险。