1、是发行主体不同。股票是股份有限公司募集股本时发行的，非股份公司不能发行股票。投资基金是由投资基金公司发行的，它不一定就是股份有限公司，且各国的法律都有规定，投资基金公司是非银行金融机构，在其发起人中必须有一家金融机构。
2、是股票与投资基金的期限不同。股票是股份有限公司的股权凭证，它的存续期是和公司相始终的，股东在中途是不能退股的。而投资基金公司是代理公众投资理财的，不管基金是开放型还是封闭型的，投资基金都有限期的限定，到期时要根据基金的净资产状况，依投资者所持份额按比例偿还投资。
3、是股票与投资基金的风险及收益不同。股票是一种由股票购买者直接参与的投资方式，它的收益不但受上市公司经营业绩的影响、市场价格波动的影响，且还受股票交易者的综合素质的影响，其风险较高，收益也难以确定。而投资基金则由专家经营、集体决策，它的投资形式主要是各种有价证券及其他投资方式的组合，其收益就比较平均和稳定。由于基金的投资相对分散，其风险就较小，它的收益可能要低于某些优质股票，但其平均收益不比股票的平均收益差。
4、是投资者的权益有所不同。股票和基金虽然都以投资份额享受公司的经营利润，但基金投资者是以委托投资人的面目出现的，它可以随时撤回自己的委托，但不能参与投资基金的经营管理，而股票的持有人是可以参与股份公司的经营管理的。
5、是流通性不同。基金中有两类，一类是封闭型基金，它有点类似于股票，大部分都在股市上流通，其价格也随股市行情在波动，它的操作与股票相差不大。另一类是开放型基金，这类基金随时可在基金公司的柜台买进卖出，其价格与基金的净资产基本等同。所以基金的流动性要强于股票。