1.股票摘牌风险。主板市场的股票也有摘牌风险，但是创业板市场的股票被摘牌的概率大于主板市场，因为创业板股票的特点是上市公司规模较小，且处于创业阶段。从现实情况看，中小企业的寿命一般比较短。中小企业寿命短的主要原因是其产品的市场占有率比大企业低得多，自身抵御经营风险的能力比较低。当然也不排除创业板中有的上市公司逐渐成长壮大，或者被其它公司重组买壳。
　　2.股市投机风险。股市投机是指预期股价有上涨机会或者预谋创造股价上涨机会，在股价尚未涨到目标位前投入资金买进股票，待股价涨到目标位时将股票卖出获利的行为。股市投机风险是指投资者由于自己投机失误或他人过度投机而给自己的投资造成损失的可能性。主板市场也有投机风险，但是创业板的投机风险程度大大超过主板市场，因为创业板股票规模小，容易操纵，价格涨得快跌得也快，涨得高跌得也深。
　　3.上市公司“荒地风险”。“荒地”是指上市公司无人认真经营的状态。上市公司荒地风险是指持有上市公司股票的投资者因上市公司处于无人经营状态而造成投资损失的可能性。导致“荒地”的原因主要有：有的创业者办企业的目的就是“倒卖企业”，即通过运作后使公司股票在股票市场成功发行和上市，从股市筹措巨额资金，再想办法把资金转移出去，然后把持有的该公司股票出售，再一次获取暴利，然后再注册或收购另一家企业，再运作上市，如此循环。由于创业者无心长期经营企业，而醉心于资本运作，所以企业实际上会处于无人进行实质性经营的状态，特别是当创业者把所持有的股份全部卖掉后，上市公司的经营就更处在“荒地”状态了。在股票全流通后，主板市场也存在“荒地风险”，但是创业板上市公司因其操作相对容易而比主板市场有更大风险。
　　4.股票市场萧条风险。股市萧条风险是指投资者买入股票后因股市长期萧条、股价长期或永远在买入价之下甚至股票退市而给投资者造成投资损失的可能性。从其他国家或地区的创业板市场看，创业板成功的例子并不多见。创业板市场萧条的主要原因是缺乏长期存续、效益优良的上市公司，股票价格波动太大，因而投资风险大，对投资者缺乏吸引力。即使是纳斯达克市场也有较大的投资风险，也有萧条的时候。例如2000年3月10日到达5048.62点，2002年10月10日跌到1108点。如果在高点买入股票，而此后创业板进入长期萧条期，投资者就会陷入长期的套牢状态，可能永无翻身之日。
　　5.上市公司变脸风险。上市公司变脸风险是指投资者因上市公司在发行股票后由优质公司变为劣质公司而给投资者自己造成投资损失的可能性。主板市场的上市公司也会变脸，但是创业板市场的上市公司变脸具有短期性和普遍性的特点。其原因主要有二：一是公司规模小，经营不稳定；二是小公司的财务信息与大公司相比规范性差，极易造假，外界较难掌握其真实信息；三是创业板的上市公司灵活性强，存在向中介机构行贿以更改财务信息的可能；四是小公司监管难度较大；五是各地方政府对本地中小企业到创业板市场发行股票并上市的积极性非常高，可能会存在把关不严的问题。另外创业板上市公司中创业型企业多，而创业本身就存在较大风险。