从【定位】来说：
创业板属于交易所市场，新三板属于场外市场。
从【市场特点】来说：
1.服务对象不同。创业板（二板）门槛高于新三板，低于主板和中小板，小而美的企业上不去。新三板正是服务于这些增长迅速、有前途，又无法在沪深上市的企业。
2.制度规则设计不同。新三板具有鲜明特点：财务不设门槛，协议成交、做市商，包括研究中的竞价交易三种方式均可选择，这是都是创业板不具备的。
3.完成多层次资本市场中的使命不同。这么大的使命之所有由新三板来承担，主要是主板习惯固有思维，各方利益错综复杂，不愿或不能（稳字当头）改变。
相同点：
1.法律性质和市场地位相同。同为全国性证券交易场所。
2.监管体系相同。均为中国证监会统一监管。