由于港股通交易为港币报价、人民币结算，而境内券商对投资者实施前端控制，投资者交易前须事先全额缴纳相关资金，故港股通业务中需事先设定参考汇率，主要用于券商交易前端预冻结资金，而非用于实际结算。为避免当日汇率波动给市场带来的结算风险，其取值范围覆盖了历史上的最大单日波动范围，目前其取值为T-1日末离岸市场港币对人民币即时中间价的±3%。
实际的结算汇兑比率是根据日终净额实际换汇汇率并按买卖全额分摊原则确定的，结算汇兑比率一般都会优于前述参考汇率。即，日终清算后，投资者的港股买入交易，按卖出结算汇兑比率所计算出的、实际需要支付的人民币，一般将少于证券公司日间按卖出参考价所计算出的金额。反之，日终清算后，投资者的港股卖出交易，按买入结算汇兑比率所计算出的、实际可以得到的人民币，一般将多于证券公司日间按买入参考价所计算出的金额。当然，出于风险管理的需要，可能有证券公司会在参考报价的基础上再加减一定比例来控制客户资金，投资者应事先咨询指定交易证券公司了解详情。
提示投资者注意，极端情况下离岸人民币市场发生大幅度波动时，有可能出现结算汇兑比率劣于参考汇率的结果。因此，投资者需及时关注离岸人民币市场并查看资金账户余额，防止资金账户出现透支。