一、从概念上来讲
指数型基金，是指按照某种指数构成的标准购买该指数包含的证券市场中的全部或者一部分证券的基金，比如沪深300指数基金，深证100，上证50，中小板指等指数基金，其目的在于达到与该指数同样的收益水平。简单来说，就是指数基金跟踪的指数中有哪些股票，它就主要买哪些股票。一般而言，指数基金股票仓位在75%-95%之间，可看做是股票型基金中股票仓位较高的一种特殊基金。由于其高仓位配置，在股市上涨时，指数基金净值能迅速上涨；但是，在股市下跌时，净值下降也得很快。
股票基金，顾名思义，就是指投资于股票市场的基金了，其股票仓位一般在60%以上。
二、指数基金为被动型基金，而股票基金是主动型基金。
指数基金与股票基金最大的区别在于，指数基金是被动型基金，而股票基金是主动型基金。
也就是说，指数基金是用来跟踪某个大盘指数的，基金经理要做的，就是把基金的资产按照大盘指数按比例配置，就可以了，在牛市下买这个比较好；股票基金，是基金经理根据他们的喜好、个人分析和基金合同规定的方向，来进行选股和确定配置比例，基金管理上比较灵活。
三、投资方式不同
指数基金提供的投资方式较为方便简单。因为不需要自行选股，所以投资者不需要担心基金经理是否会改变投资策略，谁当基金经理就显得并不十分重要。而股票基金（非指数）基金经理关系就很大了，俗话说换帅如换刀，不同的基金经理管理的基金往往差别是非常大的。因此，选择股票基金的投资者需要谨慎挑选基金公司，并注意所投的基金是否由有实力、过往业绩优异的基金经理管理。
四、投资成本不同
低成本是指数基金最突出的优势。基金费用主要包括管理费用、交易成本和销售费用三个方面。由于指数基金采取持有策略，不用经常换股，因此，其费用一般要远低于股票基金等主动型基金，这方面的成本差异有时可达1%-3%。
五、投资风险不同
指数基金和股票基金面临的主要风险是不同的。
指数基金面临的主要是系统性风险，而系统性风险是不可以通过分散投资消除的。行情好的时候，指数基金涨的比其他基金相对要快，但行情差的时候，跌的也比其他基金要快，缺乏抗跌性。比如，一只追踪上证综指的完全被动指数型基金与一只一般的股票型基金，理论上讲指数型基金的走势应该完全依照大盘，而股票型基金可能取得好于或者差于大盘的表现。
股票基金除了面临市场波动风险外，其盈亏还很大程度上取决于基金经理对市场和个股的选择和判断。如果股市暴涨，而此时基金经理没有做出正确的判断，没有加仓或来不及加仓，那么股票基金收益就会大幅缩水，相比之下指数基金收益就要大很多。但同理，在单边下跌行情中（即股票只有下跌，没有上涨的），在正确判断下，股票基金往往可以通过及时减仓减少损失，将下跌损失控制在指数基金之下。
综合来看，指数基金和股票基金无所谓谁好谁坏。对于初入股市的投资者来说，选择指数基金相对来说比较保险，也易于操作和观察每日走势，尤其是牛市中，指数基金是较优的选择；但在市场行情并不理想时，指数基金就失去优势了，反而，股票基金可以通过灵活选择表现较好的股票配置来赚取高于大盘走势的收益，但风险也会相对高些，比较适合经验丰富的投资者，同时也依赖于基金经理的管理实力。