在2000年，为解决主板市场退市公司和两个停止交易的法人股市场公司的股份转让问题，由中国证券业协会出面，协调部分证券公司设立了“代办股份转让系统”，称为“三板”。
由于在“三板”中挂牌的股票品种少，且多数质量较低，要转到主板上市难度也很大，因此很难吸引投资者，多年被冷落。
后来，为了改变中国资本市场这种柜台交易过于落后的局面，同时也为更多的高科技成长型企业提供股份流动的机会，2006年在北京中关村科技园区建立了新的股份转让系统。因为进入股份转让的企业都是高科技企业，和原来的退市企业和挂牌公司不同，所以就被形象地称为“新三板”。
可以肯定的是，企业在“新三板”挂牌的要求高于“老三板”，同时交易规则也有变化，譬如只允许机构投资者参与等。
“新三板”在很多地方实现了突破，但客观而言，“新三板”的现状仍难以让人满意。一方面投资者根本就不知道市场体系中还有“新三板”的存在，另一方面“新三板”投资风险较高。比如：
首先是运营风险。新三板挂牌公司集中于高新技术企业，技术更新较快，市场反应灵敏，对单一技术和核心技术人员的依赖程度较高，这在本质上决定了其变动性较大。此外，新三板企业通常规模不大，而且其主营业务收入、营业利润、每股净收益等财务指标远低于上市公司，抗市场和行业风险的能力较弱。
信息透明度不可忽视。挂牌公司的信息披露标准低于上市公司，投资者基于披露的信息对挂牌公司的了解有限。而这种信息不对称很容易造成投资者判断失误。
另外，信用风险也值得注意。虽然股权报价转让过程有主板券商的督导和协会的监管，但仍无法避免中止交易的风险，影响投资者的预期收益。特别需要注意的是，股份报价转让并不实行担保交收，可能因为交易对手的原因而导致无法完成资金交收。