1、板块不同：沪市只有主板与B股；深市有主板、中小板、创业板和B股。
2、股票代码不同：沪市主板是60开头，B股是900开头；深市主板是000开头，中小板是002开头、创业板是300开头、B股是200开头。
3、B股标价不同：沪市是以美元竞价；深市是以港币竞价。
4、交易制度不同：基本的交易规则是一致的，差别在于收市最后3分钟（14：57-15：00），具体在于沪市的交易规则是连续竞价；深市的交易规则是集合竞价。举一个极端的例子：正是由于深市存在最后3分钟的集合竞价，新嘉联（002188）在2012年5月23日全天走势很平淡，但最后3分钟由于集合竞价导致以跌停价报收。
5、托管不同：沪市是采取的指定交易，也就是你在设立证券帐户的时候要先选定一家证券公司作为委托对象；深市则采取的“自动托管，随处通买，那买那卖，转托不限”
6、股本不同：沪市以大盘蓝筹股为主，满足国企上市的政治任务。深市主要是中小盘。