市盈率指标用来衡量股市平均价格是否合理具有一些内在的不足：
⑴计算方法本身的缺陷。成份股指数样本股的选择具有随意性。各国各市场计算的平均市盈率与其选取的样本股有关，样本调整一下，平均市盈率也跟着变动。即使是综合指数，也存在亏损股与微利股对市盈率的影响不连续的问题。举个例子，2001年12月31日上证A股的市盈率是37.59倍，如果中石化2000年度不是盈利161.54亿元，而是0.01元，上证A股的市盈率将升为48.53倍。更有讽刺意味的是，如果中石化亏损，它将在计算市盈率时被剔除出去，上证A股的市盈率反而升为43.31倍，真所谓“越是亏损市盈率越高”。
⑵市盈率指标很不稳定。随着经济的周期性波动，上市公司每股收益会大起大落，这样算出的平均市盈率也大起大落，以此来调控股市，必然会带来股市的动荡。1932年美国股市最低迷的时候，市盈率却高达100多倍，如果据此来挤股市泡沫，那是非常荒唐和危险的，事实上当年是美国历史上百年难遇的最佳入市时机。
⑶每股收益只是股票投资价值的一个影响因素。投资者选择股票，不一定要看市盈率，很难根据市盈率进行套利，也很难根据市盈率说某某股票有投资价值或没有投资价值。令人费解的是，市盈率对个股价值的解释力如此之差，却被用作衡量股票市场是否有投资价值的最主要的依据。实际上股票的价值或价格是由众多因素决定的，用市盈率一个指标来评判股票价格过高或过低是很不科学的。