电子式储蓄国债与记账式国债的不同之处主要表现为以下几点。
一、流动或变现方式：前者只能在发行期认购，不能上市流通，但可以按有关规定提前兑取，而且可以用来办理质押贷款以变现，后者可以上市流通，可以在二级市场买卖。
二、到期前变现的收益预知程度：前者在发行时就对提前兑取条件进行了规定，即投资者所能获得的收益是可以预知的，投资者无论是持有到期还是提前兑取，都不必承担利率变动风险。后者如果持有到期，则获得到期收益，但如果未到期在二级市场变现，就可能遭遇卖出价低于买入价的情况，就得承担价差损失，甚至遭遇亏本。当然也有可能卖出价高于买入价，这样不但得到相应期限的利息，还能获得价差收益。
三、发行利率确定机制：前者是财政部参照同期银行存款利率及市场供求关系等因素确定，后者则是根据记账式国债承销团成员投标确定。
四、发行对象：前者只限个人购买，后者个人和机构都可购买。
五、购买渠道：前者可到首批试点代销银行的各网点购买，后者可到开办了柜台记账式国债业务的银行或证券公司购买。