香港上市公司的投票等公司行为和内地市场差异较大，因此，港股通投资者在行使权利时要关注以下差异：
一是，由于中国结算需在汇总投资者的意愿后再向香港结算提交，所以，为确保在香港结算规定的时间内向其提交港股通投资者意愿征集结果，中国结算对投资者设定的意愿征集期比香港结算的征集期稍早结束；
二是，在港股通股票投票方面，投票可以没有权益登记日，此时以投票截止日的证券持有为计算基准。投票数量超出持有数量的，按照比例分配持有基数。投资者对同一项议案，可以同时投赞成、反对和弃权票（如有）；
三是，在现金红利派发业务（包括含选择权的红利派发业务）中，由于在收到香港结算派发的外币红利资金后，中国结算要进行换汇、清算、对内发放等多项业务处理，港股通投资者收到上市公司现金红利的实际到账日要略晚于香港结算公布的派发日。此外，香港结算向中国结算派发的红利资金可能是美元、港币等外币，但中国结算派发给投资者的红利资金均为人民币；
四是，送股业务及含股票股利选择权的红利业务派发的红股上市时间可能较香港市场延后。港股通股票发行人派发红股的，中国结算在收到香港结算派发红股到账当日或次日进行业务处理，相应红股可在处理日的下一港股通交易日上市交易。这样，港股通投资者红股可卖首日可能较香港市场晚一个港股通交易日。