1.服务对象不同。全国股份转让系统的定位主要是为创新型、创业型、成长型中小微企业发展服务。这类企业普遍规模较小，尚未形成稳定的盈利模式。
　　2.在准入条件上，全国股份转让系统不设财务门槛，也没有主营业务要求。申请挂牌的公司可以尚未盈利，只要股权结构清晰、经营合法规范、公司治理健全、业务明确并履行信息披露义务的股份公司均可以经主办券商推荐申请在全国股份转让系统挂牌；但创业板不仅要求最近两年连续盈利，最近两年净利润累计不少于一千万元，且持续增长；或者最近一年盈利，且净利润不少于五百万无，最近一年营业收入不少于五千万无，最近两年营业收入增长率均不低于百分之三十，还要求主营业务突出，集中有限资源主要经营一种业务，并符合国家产业政策和环境保护政策。同时，要求募集资金只能用于发展主营业务。
　　3..投资者群体不同。我国证券交易所的投资者结构以中小投资者为主，而全国股份转让系统实行了较为严格的投资者适当性制度，对自然人和机构都有具体要求。未来的发展方向将是一个以机构投资者为主的市场，这类投资者普遍具有较强的风险识别与承受能力。
　　4.全国股份转让系统是中小微企业与产业资本的服务媒介，主要是为企业发展、资本投入与退出服务，不是以交易为主要目的。侧重于赚取企业成长的钱。而主板与创业板则侧重于通过股票买卖赚取市场差价。
　　5.交易规则不同。新三板200人限制和投资者限制决定了较低的流动性。另外，新三板企业的股权高度集中，可流通股权比例低。在交易方式上，新三板可以采取协议方式、做市方式、竞价方式或其他中国证监会批准的转让方式。而主板、创业板多采用竞价交易方式，大宗交易采用协议大宗交易和盘后定价大宗交易方式。
　　7.信息披露不同。新三板信息披露要求低于创业板。新三板仅需年半年报和年报，季报不强制披露，另外还无强制预披露要求。新三板相对创业板规模更小，企业生命周期更前端，行业更细分。