具体来说，因沪港股票市场在投资环境、投资者结构以及交易标的等方面都存在一定差异，内地投资者参与港股通交易可能面临诸如下列风险：
首先是市场联动的风险。
与内地A股市场相比，由于在港股市场上外汇资金自由流动，海外资金的流动与港股价格之间表现出具有高度相关性，因此，投资者在参与港股市场交易时受到全球宏观经济和货币政策变动导致的系统风险相对更大。
其次是股价波动的风险。
由于港股市场实行T+0交易机制，而且不设涨跌幅限制，加之香港市场结构性产品和衍生品种类相对丰富，因此，港股通个股的股价受到意外事件驱动的影响而表现出股价波动的幅度相对A股更为剧烈，投资者持仓的风险相对较大。
再次是交易成本的风险。
目前，投资者参与港股投资，需要佣金、交易征费、交易费、交易系统费、印花税、过户费、证券组合费等各项税费。投资者在参与港股交易前应当充分了解可能需要缴纳的与各项相关税费安排，避免因交易频率提高导致交易成本上升。
此外，还有个股的流动性风险。不同于在内地市场中小市值股票的成交较为活跃，在香港市场，部分中小市值港股成交量则相对较少，流动较为缺乏。因此，如果投资者重仓持有此类股票，则可能因缺乏交易对手方交易，进而面临小量抛盘即导致股价大幅下降的风险。
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还需要注意下面几点：
一是订单类型。
　　在试点初期，港股通投资者在联交所开市前时段仅可以输入竞价限价盘，在持续交易时段仅可以增强限价盘进行买卖，而无法使用市价盘申报买卖单。在这里，内地投资者应当了解港股通订单类型的含义，避免因申报价格与成交价格的差异而导致无法成交的风险。
　　二是额度控制。
　　内地投资者应当充分了解因港股通额度控制可能造成的买单交易无法及时执行的风险。上交所[微博]证券交易服务公司对港股通的每日额度和总额度的使用进行监控并予以发布。当买卖港股通股票触及总额度或每日额度限制时，投资者的买入报单将会受到限制并可能由此造成交易推迟、失败等情况，投资者也可能因此遭受经济损失。
　　三是交易日。
　　香港与内地A股市场的交易日并不完全一致。沪港通在沪港两地均为交易日且能够满足结算安排时开通。投资者在参与港股通交易时需要充分了解具体的交易日期，做好交易安排和风险控制。
　　四是货币兑换。
　　内地投资者在参与港股通投资时，作为港股通标的的联交所上市公司股票以港币报价，以人民币(6.2261,0.0113,0.18%)交收。此外，因港股通相关结算换汇处理在交易日日终而非交易日间实时进行，所以，投资者要关注由此产生的人民币兑港币在不同交易时间结算可能产生的汇率风险。