由于投资者通过港股通买卖港股通股票，均以港币报价成交，而投资者实际支付或收取人民币，因此，需要将成交货币(即港币)按一定汇率换算为人民币，这就是通常所说的换汇处理参考汇率是指，在港股通交易日每日开市前，由中国结算根据换汇银行提供、并通过上交所网站向市场公布的汇率。参考汇率包括港币买入参考价、港币卖出参考价两项。境内证券公司可能利用该参考汇率控制投资者的资金使用。即，投资者买入港股时，证券公司利用港币卖出参考价计算投资者需要支付的人民币资金；投资者卖出港股时，证券公司利用港币买入参考价计算投资者可以得到的人民币资金。投资者应事先咨询指定交易券商了解详情。
结算汇兑比率是指，当日收盘后，中国结算根据全市场港股通成交的清算净额（单边，净应付或净应收），在香港与换汇银行换汇后，将换汇成本均摊至根据当日所有买入成交和卖出成交所计算出的对投资者当日成交进行人民币资金结算所实际适用的汇率。结算汇兑比率包括买入结算汇兑比率和卖出结算汇兑比率两项。
根据分级结算原则，中国结算按照上述结算汇兑比率对结算参与人进行人民币资金清算，结算参与人也根据该汇率对投资者进行清算。
提示投资者注意，上述安排仅适用于交易结算资金的清算，公司行为类结算资金（如，派发红利）一般采用逐笔全额换汇安排。