全国中小企业股份转让系统（以下简称“全国股份转让系统”）是经国务院批准设立的第一家公司制证券交易场所，也是继上海证券交易所、深圳证券交易所之后第三家全国性证券交易场所。全国中小企业股份转让系统有限责任公司为其运营机构，于2012年9月20日在国家工商总局注册，2013年1月16日正式揭牌运营，注册资本30亿元，注册地在北京。
全国股份转让系统定位于非上市股份公司股票公开转让和发行融资的市场平台，为公司提供股票交易、发行融资、并购重组等相关服务，为市场参与人提供信息、技术和培训服务。
全国股份转让系统与交易所市场在法律地位上无区别，主要区别在于服务对象、交易制度和投资者适当管理制度三方面。服务对象方面，全国股份转让系统主要为创新型、创业型和成长型中小微企业提供资本市场服务，而交易所市场主要服务于成熟企业。交易制度方面，全国股份转让系统设计了优化的协议转让、做市转让及竞价转让等灵活多样的方式，交易所市场主要提供竞价转让和大宗交易协议转让等标准化的方式，投资者准入方面，全国股份转让系统实行比交易所市场更为严格的投资者适当性管理制度。
全国股份转让系统与区域性股权市场也有区别。全国股份转让系统是国务院批设、纳入中国证监会监管的全国性证券市场，是公开市场，挂牌公司准入和持续监管纳入中国证监会非上市公众公司监管范围，股东人数可超200人；在交易制度选择上没有障碍，可以连续、标准化交易。区域性股权市场是多层次资本市场的组成部分，属于非公开市场，不属于证券市场，由省级地方政府设立和管理，受国发〔2011〕38号文和国办发〔2012〕37号文的约束，其挂牌公司股东人数不能超过200人（“非公开”），股份不能拆细交易（“非标准”），交易频率须严格执行T+5（“非连续”）。