“第三方存管”的全称是“客户交易结算资金第三方存管”。过去，在证券交易活动中，投资者（即客户）的交易结算资金是由证券公司一家统一存管的。后来，证监会规定，客户的交易结算资金统一交由第三方存管机构存管。这里的第三方存管机构，目前是指具备第三方存管资格的商业银行。

“第三方存管”是商业银行提供的一项业务，常见于证券、期货、房产等交易活动中。拿证券交易中的第三方存管来说，它是指委托存管银行按照法律、法规的要求，负责客户资金的存取与资金交收，证券交易操作保持不变。证券公司客户证券交易结算资金交由银行存管。

该业务遵循“券商管证券，银行管资金”的原则，将投资者的证券账户与证券保证金账户严格进行分离管理。第三方存管模式下，证券经纪公司不再向客户提供交易结算资金存取服务，只负责客户证券交易、股份管理和清算交收等。存管银行负责管理客户交易结算资金管理账户和客户交易结算资金汇总账户，向客户提供交易结算资金存取服务，并为证券经纪公司完成与登记结算公司和场外交收主体之间的法人资金交收提供结算支持。银行负责完成投资者专用存款账户与券商银行交收账户之间清算资金的划转，将券商的清算交收程序转移到银行，由银行代为完成。

实施保证金第三方存管制度的证券公司将不再接触客户保证金，而由存管银行负责投资者交易清算与资金交收。据《上海证券报》报道，证券业之所以引入保证金第三方存管制度，主要是为了从根本上杜绝券商挪用客户保证金的行为。有关统计资料显示，券商挪用保证金问题屡禁不止。

实行保证金第三方存管制度之所以能确保客户保证金不被券商挪用，是因为该制度有效地在证券公司与所属客户交易结算资金之间建立隔离墙。具体而言，实施保证金第三方存管制度后，客户可以在存管银行网点或证券公司的营业网点办理开户业务，在存管银行的系统中生成客户保证金账号，在证券公司的系统中生成客户号。遵循“券商管证券，银行管资金”的原则，由证券公司负责客户证券交易、股份管理以及根据登记公司的交易结算数据，计算客户的交易买卖差数；由银行负责投资者保证金账户的转账、现金存取以及其他相关业务。
实施保证金第三方存管制度基本不会影响投资者的现有交易习惯。在实施保证金第三方存管制度的证券公司开户，唯一的不同就在于存取资金只能通过银行进行。这有点类似当前不少证券公司推出的“银证通”业务。