全国中小企业股份转让系统（以下简称全国股份转让系统）是经国务院批准，依据证券法设立的全国性证券交易场所，2012年9月正式注册成立，是继上海证券交易所、深圳证券交易所之后第三家全国性证券交易场所。在场所性质和法律定位上，全国股份转让系统与证券交易所是相同的，都是多层次资本市场体系的重要组成部分。
需要指出的是，“多层次资本市场”是一个中国概念，在国外并没有对应的概念，也没有形成一套多层次资本市场理论。这是因为西方发达资本市场国家的资本市场的多层次性是自发形成的，而中国多层次资本市场则是建构而来的。因此，“多层次资本市场体系”概念实际上是一个服务于强制性制度变迁的理论供给，“建设多层次资本市场”则鲜明地体现了制度创新的“建构理性主义”精神，在这个意义上，它是一个非常中国化的概念。
全国股份转让系统与证券交易所的主要区别在于：一是服务对象不同。《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》（以下简称《国务院决定》）明确了全国股份转让系统的定位主要是为创新型、创业型、成长型中小微企业发展服务。这类企业普遍规模较小，尚未形成稳定的盈利模式。在准入条件上，不设财务门槛，申请挂牌的公司可以尚未盈利，只要股权结构清晰、经营合法规范、公司治理健全、业务明确并履行信息披露义务的股份公司均可以经主办券商推荐申请在全国股份转让系统挂牌；二是投资者群体不同。我国证券交易所的投资者结构以中小投资者为主，而全国股份转让系统实行了较为严格的投资者适当性制度，未来的发展方向将是一个以机构投资者为主的市场，这类投资者普遍具有较强的风险识别与承受能力。三是全国股份转让系统是中小微企业与产业资本的服务媒介，主要是为企业发展、资本投入与退出服务，不是以交易为主要目的。