它们之间大致在如下五个方面存在区别：
(1)有效期。

认股权证的有效期(即发行日至到期日之间的期间长度)通常比股票期权的有效期长：认股权证的有效期一般在一年以上，而股票期权的有效期一般在一年以内。股票期权的有效期偏短，并不是因为不能设计成长有效期，而是交易者自然选择的结果。就像期货合约一样，期货合约的交易量一般聚集在近月合约上，远月合约的交易量一般很少，不如不挂。

(2)标准化。

认股权证通常是非标准化的，在发行量、执行价、发行日和有效期等方面，发行人通常可以自行设定，而交易所交易的股票期权绝大多数是高度标准化的合约。当然，当前随着IT技术的发展，柜台市场与交易所场内市场出现融合的趋势，柜台市场上的非标准化的股票期权也开始进入交易所场内市场。

(3)卖空。

认股权证的交易通常不允许卖空，即使允许卖空，卖空也必须建立在先借入权证实物的基础上。如果没有新发行和到期，则流通中的权证的数量是固定的。而股票期权在交易中，投资者可以自由地卖空，并且可以自由选择开平仓，股票期权的净持仓数量随着投资者的开平仓行为不断变化。

(4)第三方结算。

在认股权证的结算是在发行人和持有人之间进行，而股票期权的结算，是由独立于买卖双方的专业结算机构进行结算。因此，交易股票期权的信用风险要低于交易认股权证的信用风险。

(5)做市商。

认股权证的做市义务通常有发行人自动承担，即使是没有得到交易所的正式指定，发行人也通常需要主动为其所发行的认股权证的交易提供流动性。而股票期权的做市商必须是经由交易所正式授权。