第一，该指标不宜用于对不同行业公司之间进行比较

　　一般来说新兴行业的公司股票市盈率会比较高，而成熟行业的公司股票市盈率会比较低。例如钢铁企业平均市盈率往往要远低于高科技企业股票的市盈率，因为新兴行业（如高科技企业）存在高速扩张的机会，如果在高速扩张中业绩大幅度增长，则企业股票的市盈率就会急剧下降，基于对其业绩增长的预期，市盈率偏高是很正常的；相反，成熟企业（如钢铁企业）往往很难再大幅度扩张，业绩大幅度增长可能性并不大，所以市盈率自然就会低。如果我们使用市盈率指标时没有考虑公司所处的行业来进行分析，可能会得出不正确的结论。

　　第二，要考虑某些异常原因对市盈率的影响

　　由于市盈率的高低受到企业净利润的影响，而净利润的多少受企业所选择的会计政策等因素影响很大，如果上市公司在当年提取大量准备或将上年提取的准备转回，或当年发生数额巨大的营业外收支等时都会对市盈率的值产生很大的影响。所以在市盈率的分析时应充分考虑这些因素。

　　第三，当每股收益很小时所计算出的市盈率可能并没有实际意义

　　有的上市公司可能因为种种原因当年实现的净利润很小，在股价并未呈比例下降的情况下，公司的市盈率可能会非常高，甚至高达数千倍，如果机械地认为数千倍的市盈率的股票没有任何投资价值可能会是个错误，因为如果来年公司的业绩会大幅度的回升，则公司股票的市盈率会在来年时从数千倍下降到很低的水平，所以当市盈率过高时会失去判断该股票投资价值的意义。