区别体现在以下几个方面。
1、委托人限制
券商资管在银证合作中，委托人为银行的情况下，委托人总资产不能少于300亿。而基金子公司的委托人不受限制。
法律依据：《关于规范证券公司与银行合作开展定向资产管理业务有关事项的通知》。
2、法律关系
券商资管是委托关系，基金子公司是信托关系。法律依据：新《基金法》
3、投资限制
券商资管有三类产品，定向资产管理计划仅限于单一资金投资，投资限制较少;集合资产管理计划的投资范围仅限于交易所交易的产品、商业银行理财、集合资金信托计划等，不能将募集资金投资到未在交易所转让的股权、债权、lp受益权和财产权等;
专项资产管理计划的投资限制较少，但需要证监会逐一审批，操作效率较低。而基金子公司的专项资产管理计划的投资范围较广泛。
同时，在银证合作中，券商资管募集资金不得投资于高污染、高能耗等国家禁止投资的行业;而基金子公司则无约束。在股票质押式回购中，券商资管的定向、集合可参与，而基金子公司不能直接参与。
法律依据：《关于规范证券公司与银行合作开展定向资产管理业务有关事项的通知》。
4、集合资金募集能力经纪业务体系较为强大券商资管，在集合资金募集方面较有实力;而基金子公司成立时间较短，募集资金的能力有限，但如果基金子公司的股东销售实力较强，亦可解决部分销售问题。
5、净资本约束
券商资管隶属于证券公司，证券公司受到净资本约束，券商资管的总体规模受到限制;基金子公司不受净资本约束。