为了促进股票市场的稳健发展，我国针对上市公司实施了特殊的税收政策，《关于个人转让股票所得继续暂免征收个人所得税的通知》（财税字[1998]61号）规定：“从1997年1月1日起，对个人转让上市公司股票取得的所得继续暂免征收个人所得税。”而针对限售股，根据财政部、国家税务总局和证监会联合发布《关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知》的规定，自2010年1月1日起，对个人转让上市公司限售股取得的所得按20%税率征收个人所得税。

根据特别法优于一般法的原则，针对新三板交易中的涉税事项，如果有明确规定的，适用具体的文件规定；如果没有明确的规定，根据《国务院关于全国中小企业股份转让系统有关问题的决定》（国发〔2013〕49号），“市场建设中涉及税收政策的，原则上比照上市公司投资者的税收政策处理”。
如果参照上市公司的税收政策，关于限售股的规定，有两个比较具体的文件，《关于个人转让上市公司限售股所得征收个人所得税有关问题的通知》（财税[2009]167号），以及《关于个人转让上市公司限售股所得征收个税有关问题的补充通知》，明确7种法定情形属于上市公司限售股范畴，需要缴纳个人所得税。

事实上，将新三板界定为非上市公司后，更加符合逻辑的做法是应该直接适用有关股权转让的一般规定，根据国家税务总局发布的《股权转让所得个人所得税管理办法（试行）》（国家税务总局公告2014年第67号）的规定，对以下7种情形均征税：（1）出售股权；（2）公司回购股权；（3）发行人首次公开发行新股时，被投资企业股东将其持有的股份以公开发行方式一并向投资者发售；（4）股权被司法或行政机关强制过户；（5）以股权对外投资或进行其他非货币性交易；（6）以股权抵偿债务；（7）其他股权转移行为。