通过证券账户买基金与在银行购买基金都是通过开放式基金场外代销系统购买，只是代销的机构不同，费用都是执行基金公司在基金招募说明书中规定好的费率，没有太大区别。但您既然是有证券账户，那么，日常资金头寸可能放在证券公司的资金账户里，如果这样的话，就方便性来说，还是通过证券账户买基金方便些。在基金公司网上购买基金属于通过基金直销系统购买，各家基金公司的具体情形可能会有所不同。有的基金公司通过直销方式购买在手续费上略有点点优惠，有的没有，统一按照基金招募说明书的规定执行。但很多基金通过基金公司直销渠道购买是有较大的起点限制的，少一点的份额无法实现直销。
而对于购买那些所谓“创新式开放式基金”，只有通过证券账户购买才最方便。例如150003建信优势等，通过银行渠道购买的，等该基金转为可场内交易的LOF时，在银行是无法实现交易的，而在证券公司就没有什么障碍了。