首先A股是指在国内深圳或上海证券上市的股票，而H股是在香港证券市场上市的股票。两者除了上市发行市场主体不同外，还存在的一些主要区别：
1、两者的计价币种不同，A股为人民币，H股为港币，币种直接的兑换率本身就存在差异和波动；
2、在两个不同市场发行的股票结构不同，融资规模也不同，H股相对A股市场更加国际化，而且同样公司的上市要求和在两个市场的发行规模也不同，比如招商银行总股本为252.2亿股，其中A股206.29亿股，而H股为45.91亿股。
3、两个市场投资人构成及对同一公司的估值和价值认识不同，相对而言，香港股市比A股的投资者有更大比例的机构投资者，投资理念更稳健成熟，偏好蓝筹，而A股投资者更喜欢中小创，这方面的原因是也是差异的重要表现；
4、两个市场的管理部门和政策不同，A股有着明显得中国特色的行政管理烙印，号称政策市，行政干预明显，虽然一直推进市场化进程，但政策痕迹依然明显，重融资轻回报，退市机制缺失等问题持续存在亟待解决，H股则更加国际化，成熟度更高；
5、随着沪港通、深港通的逐步实施推广，两地的投资者不断交叉融合，A股市场的市场化推进等，A股和H股的这种差异理论上会逐渐缩小。