1、加大了通货膨胀的压力，影响货币当局独立制定货币政策。近年来外汇占款形式的基础货币投放已经成为中央银行货币投放的主要渠道。由于外汇储备逐年增加，央行为了维持外汇市场的稳定，必须在外汇市场上买入外汇抛出本币。通过货币乘数效应的作用，货币供应量被放大，不仅影响了货币政策的独立性，而且造成了通货膨胀的压力。央行进行对冲操作的工具还比较有限，对冲效果也不明显，因此如果外汇储备持续以较快的速度增长，那么通货膨胀的压力就会继续增加。
2、导致经济增长的动力结构不均衡，不利于实现经济增长向内需主导型模式的转变。我国高额外汇储备的形成，是政府鼓励出口、鼓励招商引资等政策因素和人民币升值预期因素在起主要作用。继续维持这种主要依靠出口和投资拉动的经济增长的动力结构，不仅有碍于落实科学发展观、建立资源节约型和环境良好型社会的目标的实现，而且会损害经济增长的潜力和后劲，不利于经济的健康和可持续发展。
3、增大了人民币升值压力，不利于对外贸易顺利开展巨额外汇储备加大了人民币汇率升值压力，且使我国在相当程度上陷入减轻人民币升值压力与抑制货币供给增长难以兼顾的两难境地：要减轻外汇占款造成的过多基础货币发行对国内货币市场的影响，人民银行必须加大回笼现金力度或提高利率，但这些操作将加大人民币升值压力；如果为了减轻人民币升值压力而增加货币供给或降低利率，本来就已经极为宽松的货币市场将因此变得过度宽松，从而刺激国内资产市场泡沫膨胀。我国有可能陷入“外汇储备增长较快—人民币升值预期—资金流入—外汇储备继续增长—进一步的升值和资金流入”这种恶性循环。此外，不断高涨的外汇储备还会进一步加剧贸易摩擦，恶化国际收支失衡，不利于我国外贸和经济的可持续发展。
4、带来高额的机会成本，加大资金收益风险，加大了汇率风险一个国家持有外汇储备，就是把这些资源储存起来，而放弃和牺牲利用他们投资的机会，在经济上就形成了一种损失，这种损失也就是机会成本，一国外汇储备越多，机会成本也就越高。美元作为我国外汇储备的主要资产，汇率波动较为频繁，高额外汇储备有可能承担美元贬值的风险。
5、成为导致流动性过剩的重要原因，影响了银行的资金使用效率，加剧了经济结构失衡。巨额贸易顺差通过结汇转换成人民币资金进入商业银行，外汇占款作为基础货币大规模投放在货币乘数作用机制下引起货币供应量的多倍扩张，使市场流动性急剧膨胀。商业银行的存差规模日益扩大，货币市场流动性泛滥等问题，都与这一因素有关。或许更严重的问题还在于，流动性过剩还会引发企业利润下滑、投资过热和通货膨胀等一系列消极后果。