北交所和新三板有以下几点区别：
1、性质不同。新三板是指全国中小企业股份转让系统，简称全国股份转让系统，是区别于“一板”主板市场和“二板”创业板市场的概念，是对公司性质的定性。北交所即北京证券交易所有限责任公司，是全国中小企业股份转让系统有限责任公司的全资子公司。
2、交易地点不同。新三板作为全国中小企业股份转让系统，在全国各地中小型企业股权集资的交易服务平台交易。北交所是北京证券交易所，是一个场内交易市场。
3、交易门槛不同。新三板创新层的开业条件：两年以上交易经验，风险承受能力C4以上，前10个交易日日均资产不能低于100万;新三板基础层开户条件：要有两年交易经验，风险承受能力C4以上，前10个交易日日均资产不能低于200万。北交所个人投资者准入门槛为开通交易权限前20个交易日日均证券资产50万元，同时具备2年以上证券投资经验;机构投资者准入不设置资金门槛。
4、交易规则不同。新三板交易规则每笔委托的股份数量应不低于3万股。北交所新股上市首日无涨跌幅限制，但设有临时性股票停牌机制，第二个交易日起，新上市股票的涨跌幅限制为30%。
5、上市对象不同。新三板主要针对的是创新创业的中小微型企业，是代理转让的股票，不是上市公司股票。北交所交易的是“专精特新”概念股，是上市公司股票。

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