(一)净额清算原则
　　一般情况下，通过证券交易所达成的交易需采取净额清算方式。净额清算又称差额清算，就是在一个清算期中，对每个结算参与人价款的清算只计其各笔应收、应付款项相抵后的净额，对证券的清算只计每一种证券应收、应付相抵后的净额。
　　净额清算分双边净额清算和多边净额清算。
　　双边净额清算指将结算参与人相对于另一个交收对手方的证券和资金的应收、应付额加以轧抵,得出该结算参与人相对于另一个交收对手方的证券和资金的应收、应付净额。多边净额清算是指将结算参与人所有达成交易的应收、应付证券和资金予以冲抵轧差，计算出该结算参与人相对于所有交收对手方累计的应收、应付证券或资金的净额。将结算参与人对应的所有双边净额清算结果加以累计，可以得出该结算参与人的多边净额结算结果;在引入共同对手方的情况下，计算该结算参与人相对于共同对手方的双边净额清算结果也相当于实现了多边净额清算。
　　目前，通过证券交易所达成的交易大多采取多边净额清算方式。
　　净额清算方式的主要优点是可以简化操作手续，减少资金在交收环节的占用。
　　应该注意的是，在实行滚动交收的情况下，清算价款时同一清算期内发生的不同种类证券的买卖价款可以合并计算，但不同清算期发生的价款不能合并计算;清算证券时，只有在同一清算期内且同种的证券才能合并计算。
　　(二)共同对手方制度
　　为保证多边净额清算结果的法律效力，一般采取了将结算机构作为共同对手方的制度安排。
　　共同对手方是指在结算过程中，同时作为所有买方和卖方的交收对手并保证交收顺利完成的主体，一般由结算机构充当。如果买卖中的一方不能按约定条件履约交收，结算机构也要依照结算规则向守约一方先行垫付其应收的证券或资金。
　　共同对手方的引入，使得交易双方无需担心交易对手的信用风险，有利于增强投资信心和活跃市场交易。
　　在我国，中国结算公司事实上是作为证券市场中央结算系统各参与方的共同对手方。
　　(三)货银对付原则
　　一手交钱，一手交货。
　　货银对付又称款券两讫、钱货两清。银货对付是指证券登记结算机构与结算参与人在交收过程中，当且仅当资金交付时给付证券，证券交付时给付资金。通俗地说，就是“一手交钱，一手交货”。