证券公司申请低手续费账户的方法有：

1、首先是看你开户渠道是哪里的
那比如您是直接在券商营业部开户的话，一般佣金是默认万三的，或者是在官网开通的话，这个佣金也是固定的，也是没有办法进行协商沟通的。
2、办理低佣金开户
可以直接通过线上客户经理的平台进行操作，属于网金部渠道，在开户之前是可以联系线上客户经理进行协商和沟通的，这样客户经理有优惠的权限，可以帮您申请到低佣金的账户，这样就会比较划算了。
3、不要直接在网上自己开户
如果您是通过网上自己进行开户的话，那不管是在官网还是在交易软件上办理的，这样开户的佣金都是无法调低的，低佣金开户是必须要您提前的联系线上客户经理进行沟通协商，然后客户经理给你专属渠道，这样开通的账户就是低佣金账户，当然也是比较划算的。

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