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国债逆回购扣除手续费后实际收益率的计算方法如下：

1、国债逆回购的收益计算公式为：国债逆回购收益 = (资金 × 利率 × 实际占款天数 / 365) - (本金 × 佣金费率)。这里的利率是指投资者在购买国债逆回购时的票面利率，实际占款天数是指从资金实际被占用的那天起到资金再次可用那天之间的自然日天数。

2、国债逆回购通常会有一定的手续费，不同期限的国债逆回购，手续费率不同。例如，1天期的手续费率为成交额的0.001%，即买10万元的有1元的手续费。而如果买28天以上的，手续费率就是0.03%，买10万元的就有30元的手续费。因此，在进行国债逆回购的实际操作时，需要将手续费考虑在内，以计算出最终的净收益。

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