1代表人诉讼中，权利人必须到法院进行登记才能参与诉讼中来，未参加登记的受害者不能成为群体成员，而我国证券民事赔偿案件的一个重要特点就是，受害者涉及面广、人数众多且地域极为分散，让受害人到法院进行登记并选定代表人会增加诉讼的复杂性，增加当事人的诉讼成本，而且由于“小额多数”的特点，一些投资者因为损害不大也不愿进行登记，不能及时登记的中小投资者将被排除在诉讼之外。
2证券纠纷发生后，由于人数众多的股民分散于全国各地，彼此缺乏了解，由他们选出合格诉讼代表人相当困难，而且诉讼代表人变更、放弃诉讼请求或承认对方当事人的诉讼请求、进行和解必须经被代表人的同意，在规模庞大的证券损害赔偿案件中，当事人在这些问题上出现意见不一致的情况相当常见，容易因为无法选出合格的代表人而产生新的纠纷。所以在实践中，诉讼代表人的推选可操作性较差。
3代表人诉讼法院判决只对极少参加代表人诉讼的受害者有效，而使在诉讼时效期间未登记权利的受害者不能适用判决结果，只能另行起诉。投资者出于诉讼经济及诉讼复杂性的考虑，往往放弃诉讼的权利。这样就使诉讼的标的额、可计算的赔偿额及诉讼的威慑力大大受到削弱。