主要是上市条件的区别
发行人申请首次公开发行股票应当符合下列条件：
（一）发行人是依法设立且持续经营三年以上的股份有限公司。
有限责任公司按原账面净资产值折股整体变更为股份有限公司的，持续经营时间可以从有限责任公司成立之日起计算。
（二）最近两年连续盈利，最近两年净利润累计不少于一千万元，且持续增长；或者最近一年盈利，且净利润不少于五百万元，最近一年营业收入不少于五千万元，最近两年营业收入增长率均不低于百分之三十。净利润以扣除非经常性损益前后孰低者为计算依据。
（三）最近一期末净资产不少于两千万元，且不存在未弥补亏损。
（四）发行后股本总额不少于三千万元。

申请挂牌新三板的条件
非上市公司申请股份在代办系统挂牌，须具备以下条件：
1、存续满两年。有限责任公司按原账面净资产值折股整体变更为股份有限公司的，存续期间可以从有限责任公司成立之日起计算；
2、主营业务突出，具有持续经营能力；
3、公司治理结构健全，运作规范；
4、股份发行和转让行为合法合规；
5、取得北京市人民政府出具的非上市公司股份报价转让试点资格确认函；