首先是市场联动的风险。
与内地A股市场相比，由于在港股市场上外汇资金自由流动，海外资金的流动与港股价格之间表现出具有高度相关性,因此，投资者在参与港股市场交易时受到全球宏观经济和货币政策变动导致的系统风险相对更大。
其次是股价波动的风险。
由于港股市场实行T+0交易机制，而且不设涨跌幅限制，加之香港市场结构性产品和衍生品种类相对丰富，因此，港股通个股的股价受到意外事件驱动的影响而表现出股价波动的幅度相对A股更为剧烈，投资者持仓的风险相对较大。
再次是交易成本的风险。
目前，投资者参与港股投资，除因股票交易而发生的佣金、交易征费、交易费、交易系统费、印花税、过户费等税费，投资者在不进行交易时也可能要继续缴纳证券组合费等项费用。因此，投资者在参与港股交易前应当充分了解可能需要缴纳的与各项相关税费安排，避免因交易频率提高导致交易成本上升。
此外，还有个股的流动性风险。不同于在内地市场中小市值股票的成交较为活跃，在香港市场，部分中小市值港股成交量则相对较少，流动较为缺乏。因此，如果投资者重仓持有此类股票，则可能因缺乏交易对手方交易，进而面临小量抛盘即导致股价大幅下降的风险。