这主要是期权一词多义引起的混淆。
option的意思就是选择（的权力），任何可以在未来给人某种权利（而不是义务）的证券、合同条款、契约等物，甚至没有义务方的无形权力，比如真实期权，都可以算做是期权。你指的严格意义上的期权，应该指的是期权最狭义的定义——在交易所上市交易的期权合约。期权合约与权证的主要区别在于，前者的义务方是卖出或做空（Short）期权合约的一方，而后者的义务方是上市公司，或者是一些提供备兑权证的金融机构。权证更像是股票类的有价证券，它是由上市公司发行的，并在二级市场交易，可交易的量在部分是固定的，不过金融机构可以通过发行备兑权证，来增加二级市场的权证存量。权证都是欧式的，如果到期时权证是价内的，行权时标的股票的交割是同上市公司进行的，可能造成股本变动和股价波动。
期权合约更像是期货，用保证金交易，持仓量随着交易情况随时变动。个股期权，一般都是美式的，这与权证不同，因为行权时要交割标的股票都与期权的卖出方相关。交易双方不停的平仓可以降低期权的持仓量，这使得期权最后到期时的实际行权量是很少的。
期权的合约性质使得它比权证更容易做空，是一种非常有效的做空工具。
显然指数和期货是没有上市公司的概念，也就没用权证一说，这些标的有期权，而且一般都是欧式，并使用现金交割。我国的股权分置改革，为了解决流通股和国有非流通股东间的巨大利益差距，让股改的公司发了一些权证来补偿投资者。
权证交易当年是市场的一朵奇葩，充满了疯狂的血泪史。目前权证市场已经停止了。个股期权正在酝酿中，不久的将来会在上交所推出。