股票开户的佣金扣取方式主要是由您开户时与证券公司协商确定的。在中国，股票开户并没有固定的费用，但在股票交易过程中，证券公司会根据交易金额收取一定比例的佣金。

佣金的计算方式通常是以交易金额的一定比例来收取，这个比例称为佣金率。佣金率的具体数值因证券公司、客户类型、交易品种等因素而异，一般可以在开户时与证券公司进行协商。

目前中国证监会规定的佣金率最高不得超过千分之三（0.3%），且单笔交易佣金不满5元的按5元收取。此外，券商还可以根据客户的交易情况、资金量等因素进行个性化定价，因此不同券商之间的佣金率可能存在较大的差异。

在实际操作中，券商通常会按照客户的交易金额和佣金率计算出应收取的佣金金额，并在客户卖出股票时从客户的资金账户中扣除。需要注意的是，券商可能会设定最低佣金标准，如果客户的单笔交易佣金低于这个标准，券商会按照最低标准收取佣金。

除了佣金外，股票交易还可能产生其他费用，例如印花税、过户费、规费等。这些费用的计算方式和收取标准也可能因地区、券商等因素而有所不同，客户在进行股票交易时需要了解清楚相关费用的计算方式和标准。