1、交易场所不同：在支付宝内购买基金为场外交易，在证券公司内购买基金部分为场内交易。
2、门槛不同：支付宝购买基金不需要特别注册账户，在证券公司购买基金投资者需要持有一个有效的账号才可以进行购买。
3、操作性不同：支付宝购买基金的操作性比在证券公司购买基金的操作性难度低。

性质和手续费也不同：
第一，购买的基金性质不同，通过证券公司买基金可以买卖场内基金比如ETF基金，而支付宝买卖的基金都是开放式场外基金；
第二，手续费有差异，通过证券公司购买的基金手续费相对低一些，支付宝购买的基金手续费相对高一些。二者最大的区别是投资品种根本不一样。很明显支付宝的基金是属于场外基金。证券公司APP能购买的基金主要属于场内基金。

支付宝和券商二者的个性也有着明显的不同。
首先你非常明显的能感受到，如果你是在支付宝买的基金，至少你要每天晚上9:30之后才能看到你持有基金当天的交易行情。如果你是在券商购买的场内基金，显然它和股票是一样的。他也会跟着实时的股价和资本市场的行情走，也拥有自己的开盘价和收盘价。