私募基金的主要运作方式有两种:
第一种是承诺保底，基金将保底资金交给出资人，相应的设定底线，如果跌破底线，自动终止操作，保底资金不退回。
第二种是接收帐号（即客户只要把帐号给私募基金即可），如果跌破10％，客户可自动终止约定，对于赢利达10％以上部分按照约定的比例进行分成，此种都是针对熟悉的客户，还有就是大型企业单位。

利益分配：
在基金管理人的收益方面，往往只给管理者很低的固定管理费以维持其开支或者根本就没有管理费，其主要收入从基金收益中按比例提取。

在风险方面：
国际上基金管理者一般要持有基金3%——5%的股份，发生亏损时这部分将首先被用来支付，但国内大部分私募基金这一比例一般高达10%——20%。基金经理人自身承担较大风险保证了投资者与管理者利益高度一致，实现了二者之间的激励相容，这较好地解决了公募基金经理人激励约束机制严重弱化的弊端。