交易制度不同。与内地市场不同,香港实行T+0回转交易制度。内地投资者买卖港股通股票,当日买入的股票,经确认成交后,在交收前可以卖出。但内地投资者买卖港股通股票禁止裸卖空,也不得参与香港市场的对盘系统外交易(类似于大宗交易)。
　　涨跌停板制度不同。内地市场设10%的涨跌幅限制(风险警示股票涨跌幅限制为5%),香港市场股票不设涨跌停板制度。
　　报价显示不同。香港证券市场与境外大多数证券市场一样,股票上涨时,股份报价屏幕上显示的颜色是绿色,下跌时则为红色。
　　报价价位不同。在香港联交所市场,不同港股股票的报价价位依据股价而定。股价越高,报价价位越大,投资者应了解联交所《交易所规则》规定的价位表,避免申报价格因不符合规定无法成交。
　　整手股数不同。内地市场每手股票交易单位统一为100股,而在香港市场,不同股票可以自行设立不同数量的每手交易单位。投资者可以登录联交所网站,在“投资服务中心”栏目内,选择“公司/证券资料”,输入股份代号或上市公司名称查询每只证券的买卖单位。少于一手,即少于一个完整买卖单位的证券,香港市场称之为“碎股”(内地称“零股”)。联交所的交易系统不会为碎股进行自动对盘交易,但是系统内设有“碎股/特别买卖单位市场”供投资者进行碎股交易。价格低于港币0.01元的证券即使属于完整的一手,但是因为价格已低于完整买卖单位市场中的交易最低价,也可在“碎股/特别买卖单位市场”交易。参与港股通业务的内地投资者对于碎股,只能卖出,不能买入。
　　证券代码编制不同。内地证券市场的股票代码由6位数字组成,而香港证券市场的股票代码由5位数字组成。另外,香港证券市场也没有在股票简称前冠以ST和*ST等风险警示标记的做法。
　　交易货币不同。香港证券市场的交易货币主要是港币,而A股证券市场的交易货币是人民币。在港股通的安排中,内地投资者买卖港股通的股票,以港币报价,但是以人民币作为支付货币。
　　交易日有所不同。由于节假日安排不同,香港市场和内地市场的交易日并不完全一致,例如每年的复活节、圣诞节等,香港市场都会休市;春节期间内地一般有7天休假,而香港只休4天半;在圣诞、新年、农历新年前夕,香港仅有半天交易。另外,联交所交易日的9:00至9:30为开市前时段,9:30至12:00为上午持续交易时段,13:00至16:00为下午持续交易时段。
　　股票交收制度不同。在内地A股市场,结算周期一般为T+1日,也就是当天卖出的股票,投资者在第2天就可以收到款项。与此不同,香港市场证券结算与经纪商之间的结算周期为T+2日,即投资者卖出股票后,至少需要2天才能收到此款项。此外,投资者在买入股票前应预先全数付款,在卖出股票前也必须有足额股份托管于有关股票经纪商。对于此项差异,投资者在参与港股通投资前应当先向证券公司了解有关港股通股票收付和资金结算安排的相关事宜,做好流动资金管理。
　　停牌制度不同。联交所在其认为适当的情况及条件下可能会指令上市公司的股票短暂停牌、停牌或除牌。具体情况如:发行人(即上市公司)未能遵守《上市规则》的规定,且情况严重;发行人股票的公众持股量不足;发行人进行的业务活动或拥有的资产不足以保持其证券继续上市;发行人或其业务不再适宜上市。不同于内地A股市场的停牌制度,联交所对停牌的具体时长并没有量化规定,只是确定了“尽量缩短停牌时间”的原则。
　　具体的复牌程序将视情况而定,联交所保留附加其认为适当的条件的权力。一般情况下,当上市发行人发出适当的公告后,或当初要求其短暂停牌或停牌的具体理由不再适用时,联交所即会让公司复牌;在其他情况下,短暂停牌或停牌将持续至发行人符合所有有关复牌的规定为止。
　　退市制度不同。沪港两地股票市场均有退市制度。在A股市场,存在根据上市公司的财务状况在证券简称前加入相应标记(例如,ST及*ST等标记)以警示投资者风险的做法。但是,在联交所市场,没有风险警示板,联交所采用非量化的退市标准且在上市公司退市过程中拥有相对较大的主导权。这使得联交所上市公司的退市情形较A股市场相对复杂。港股通投资者应予以关注。