在以下几个方面存在差异：
（1）发行时间。认股权证一般是上市公司在发行公司债券，优先股股票或配售新股之际同时发行。备兑权证发行时间没有限制。
（2）认购对象。认股权证持有者只能认购发行认股权证的上市公司的股票，备兑权证持有者有时可认购一组股票。同时、针对一个公司的股票，会有多个发行者发行备兑权证，它们的兑换条件也各不一样。
（3）发行目的。认股权证与股票或债券同时发行，可以提高投资者认购股票或债券的积极性。同时，如果到时投资者据此认购新股，还能增加发行公司的资金来源。备兑权证发行之际，作为发行者的金融机构可以获取一笔可观的发行收入。当然它也要承受股市波动给它带来的风险。
（4）到期兑现。认股权证是以持有者认购股票而兑现，备兑权证的兑现，可能是发行者按约定条件向持有者出售规定的股票，也可能是发行者以现金形式向持有者支付股票认购价和当前市场价之间的差价。我国股市的第一个权证，是1992年在上海证券市场推出的大飞乐股票的配股权证：1995年和1996年上海证券市场又推出江苏悦达、福州东百等股票的权证，深圳市场曾推出厦海发，桂柳工、闽闽东等股票的权证。