融资融券交易不仅仅需要支付交易的手续费，还需要支付利息费用。投资者无论是进行融资交易还是融券交易，都需要支付利息费用。融资利息按照实际使用资金的自然日天数计算，自融资交易指令成交当日起至融资债务结束之日止。而融券费用按照投资者实际使用证券的自然日天数计算，自融券交易指令成交当日起
至融券债务结束之日止。比如，投资者融资买入某只证券后，如果证券价格下跌，则投资者不仅要承担投资损失，还要支付融资利息；投资者融券卖出某只证券后，如果证券的价格上涨，则投资者既要承担证券价格上涨而产生的投资损失，还要支付融券费用。
投资者进行融资融券交易，到期未足额偿还融资融券本金及息费或者未按融资融券合同约定时间足额偿付权益补偿价款的，证券公司会对逾期的本金以及息费收取罚息。