一、股票代码不同。
深圳股票代码“002”开头的是中小板，“000”开头的是主板，“3”开头的是创业板；上海股票代码“6”开头的，全部的上海股票都为主板。
上海B股代码是以900开头，新股申购的代码是以730开头，配股代码以700开头。
深圳B股代码是以200开头，新股申购的代码是以00开头，配股代码以080开头。
权证：沪市是580打头，深市是031打头。
二、交易的场所不同。一个是上海，一个是深圳。
三、构成的指数不同。上证指数是加权指数，深证指数是成份指数。
四、新股申购基数单位不同。申购上海股票，资金账号最低申购1000股，每1000股为一个基数单位；申购深圳股票，一个资金账号最低是500股，每500股为一个单位基数单位。
五、股市最后十五分钟交易模式不同，上海市场没有竞价时间，深圳市场为竞价时间。
六、过户费不同，上海股票过户费每一千股收取1元，深圳股票过户费0元。